กองบริหารวิชาการ สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนครพนม ได้จัดตั้งขึ้นตามมติสภามหาวิทยาลัยนครพนมในการอนุมัติกรอบ โครงสร้างการแบ่งส่วนงานในสำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนครพนม และคณะกรรมการบริหารงานบุคคล มหาวิทยาลัยนครพนม ในการประชุม ครั้งที่ 4/2549 เมื่อวันเสาร์ที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ.2549 ได้มีมติให้ผู้ประสงค์รับการสรรหาและมีคุณสมบัติตามประกาศมหาวิทยาลัยนครพนม เรื่อง ประกาศรับสมัครผู้บริหารในสำนักงานอธิการบดี ลงวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ.2549 โดยคณะกรรมการบริหารงานบุคคลประจำมหาวิทยาลัยนครพนม ได้ดำเนินการคัดเลือก และมีมติเห็นชอบผู้ผ่านการสรรหาในการประชุมคณะกรรมการบริหารงานบุคคล มหาวิทยาลัยนครพนม ครั้งที่ 6/2549 เมื่อวันที่ 3 มิถุนายน พ.ศ.2549 แต่งตั้งบุคคลเป็นผู้รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการกอง จนกว่าจะมีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ว่าด้วยการแบ่งส่วนราชการ มีผลบังคับใช้ ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ 1 กรกฎาคม พ.ศ.2549 เป็นต้นไป

"กองบริหารวิชาการ เป็นองค์กรที่มุ่งพัฒนาให้ได้คุณภาพและมาตรฐาน สร้างสรรค์ผลงานด้วยเทคโนโลยีที่ทันสมัยสานต่อนโยบายและยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยโดยใช้หลักธรรมาภิบาล"

กองบริหารวิชาการ มีพันธกิจในการบริการวิชาการของมหาวิทยาลัย ตั้งแต่การรับเข้านักศึกษา การประสานงานการจัดการศึกษา การประมวลผลการศึกษา การตรวจสอบและรับรองการสำเร็จการศึกษาทั้งระดับอาชีวศึกษาและระดับอุดมศึกษา ให้เป็นไปอย่างมีระบบและได้มาตรฐาน รวมทั้งสนับสนุนและพัฒนาวิชาการของมหาวิทยาลัยในด้านหลักสูตร รายวิชาและมาตรฐานการศึกษา อีกทั้งเป็นศูนย์กลางข้อมูลด้านวิชาการการจัดการศึกษาและผลิตบัณฑิตที่เก่งและดี มีคุณสมบัติที่พึงประสงค์และตรงตามความต้องการของชุมชนโดยแบ่งพันธกิจ ออกเป็น 5 ด้าน ดังนี้

"กองบริหารวิชาการ สำนักงานอธิการบดี มหาวิทยาลัยนครพนม บริหารงานภายใต้นโยบายและยุทธศาสตร์ของมหาวิทยาลัยมุ่งเน้นการสร้างและการเชื่อมเครือข่ายพันธมิตรด้านหลักสูตร นักศึกษา บุคลากรและงานวิจัย โดยจะเป็นผู้ประสานงานและเอื้ออำนวยความสะดวก เพื่อให้เกิดสังคมแห่งการเรียนรู้ร่วมกัน"